Izvršenje presuda u BiH je podijeljeno između tri razine vlasti, u nadležnosti Ministarstva pravosuđa na razini BiH i ministarstava pravosuđa u svakom od dva entiteta.
Ova dva sustava funkcioniraju – manje više – neovisno jedan od drugog. Svaki zatvor je organiziran i njime se upravlja u skladu s vlastitim pravilima koja odobrava nadležno Ministarstvo pravosuđa. Bitno je napomenuti da Brčko Distrikt nema zatvora. Prijestupnici koji su tamo osuđeni služe svoje zatvorske kazne u zatvorima RS-a ili FBiH. Sve vrste sankcija, novčane kazne, kao i kazne zatvora su navedene u tri pojedinačna kaznena zakona koji su usuglašeni.
Mali kapaciteti
Prema podacima kojima raspolažu KPZ-ovi, zatvorska populacija u BiH bilježi oko 2700 zatvorenika, i to je jedan od problema, prvenstveno zbog prenapučenosti. Naime, u zemlji ima 13 zatvorskih ustanova. Njihov ukupni kapacitet je oko 2000. Prosječan broj zatvorenika po članu osoblja je 1,9 u Federaciji i 1,6 u Republici Srpskoj. Po zatvoreniku, Federacija troši najmanje 50 posto više od Republike Srpske. Jedan od razloga je niža stopa primanja u RS, mada RS u načelu troši manje i na operativne troškove i na kapitalne investicije. To znači da zatvorski sustavi u oba entiteta funkcioniraju u skladu s različitim standardima i da se zatvorenici u BiH ne tretiraju na isti način.
Međutim, ni šest godine poslije, nakon što je Sud BiH pravomoćno osudio već 85 osoba, od čega u to vrijeme 35 za ratne zločine, ne postoji posebna institucija u koju bi se osuđenici smjestili. Jedino što je do sada završeno jeste izgradnja ogradnog zida budućeg zatvora koji će se nalaziti u Istočnoj Ilidži. Državni zatvor trebao bi imati oko 300 zatvorskih i 50 pritvorskih mjesta, a predviđena ukupna suma za gradnju i opremanje kreće se oko 20 milijuna eura. Prvobitna procjena iz 2005. godine govorila je da bi zatvor mogao koštati oko 16 milijuna eura, ali je u međuvremenu došlo do promjene standarda Europske unije. Nepostojanje zatvora za izvršenje kaznenih sankcija na razini države predstavlja veliki problem.
Državni zatvor čeka
Osobe koje su odlukom Suda BiH osuđene na kaznu zatvora upućuju se na izdržavanje kazne u već preopterećene entitetske zavode. Imajući u vidu da Sud BiH procesuira kaznena djela za koja se često izriču kazne dugotrajnog zatvora, neophodna je izgradnja ustanove visokog stupnja sigurnosti. Dok se čeka izgradnja državnog zatvora, Ministarstvo pravosuđa BiH plaća 40 KM dnevno za smještaj pritvorenika i osuđenika Državnog suda u kazneno-popravnim ustanovama u Federaciji BiH i Republici Srpskoj. Inače, kapaciteti u kazneno-popravnim zavodima Federacije BiH su skučeni. Prema prošlogodišnjim podacima, KPZ Bihać ima kapacitet od 122 mjesta za osuđene i pritvorene osobe, Mostar 186 mjesta za osuđenike i 32 za pritvorene osobe, Sarajevo 110 mjesta za pritvorene osobe, Tomislavgrad – Odjel Busovača 92 mjesta za osuđene i pritvorene osobe, Tuzla 154 mjesta za osuđenike, a 70 za pritvorenike te Zenica, koja posjeduje 8 paviljona, prvi paviljon je kapaciteta 350-400 zatvorenika, a drugi paviljon ima kapacitet 42 mjesta za pritvorene osobe.
