Što se događa s virusom koji je prošao vanjske barijere opće obrane? Tada virus ulazi u tkiva i tekućine organizma. Za njegovo eliminiranje ključan je imunološki sustav, a za učinak imunološkog sustava ključno je prepoznavanje. Što točno imunološki sustav treba prepoznati? Po svojoj naravi, ustrojstvu i načinu djelovanja treba prepoznati da se u tkivima nalazi strana supstancija, strana molekula, strana kemikalija koja je upravo zato što je strana – uglavnom nepoželjna. Kako zna da je neka kemikalija strana i uz to još nepoželjna? Tako da je fizikalno, kemijski pročita, napravi joj stanoviti otisak, matricu koju uspoređuje s postojećim matricama vlastitih tjelesnih kemikalija i stranih, ali poželjnih kemikalija. Ako nova matrica ne postoji u arhivi matrica vlastitih i stranih poželjnih kemikalija, odmah se pokrene provjera, a nakon toga pokrene se mehanizam proizvodnje novih krvnih stanica sposobnih da proizvedu protutijela na tu novu i nepoželjnu kemikaliju.
Kao što je spomenuto, viruse o kojima je ovdje riječ odmah se razdjeljuje na dva dijela, na dvije vrste virusa. Prvi su virusi oni koji ne vuku podrijetlo od DNK iste vrste u kojoj se virus nalazi i u čija je tkiva je ušao. To su „strani virusi“. Njihov DNK ima neke genske zapise koji ne pripadaju toj vrsti nego drugim vrstama ili ima neke proteine koji se nalaze uz taj DNK, a koji također ne pripadaju toj vrsti. Prepoznavanje tih stranih molekula, tih stranih kemikalija koje su nepoželjne od imunološkog sustava domaćina relativno je lagano. Nakon prepoznavanja da su to strane i nepoželjne kemikalije imunološki sustav daje proizvođačima imunoloških stanica, limfocitima, matricu za proizvodnju baš takvog alata koji će proizvoditi protutijela na te strane i nepoželjne molekule. Protutijela na strane i nepoželjne molekule priljube se uz te molekule, blokiraju ih, a time blokiraju i uz virus sastavljen od stranih molekula i uništavaju ga. Stvar je relativno jednostavna. Loš ishod sa stranim virusima može nastati ako je oštećen neki dio imunološkog sustava pa ne može izvesti taj proces. Ali to više nije stvar virusa nego domaćina u koji je virus ušao i njegova imunološkog sustava koji je manjkav. Reklo bi se, ako je imunološki sustav zdrav, nema problema, proces ide, velike su šanse da virus bude pobijeđen. Što se dogodi s drugom grupom virusa koji vuku podrijetlo od DNK iste vrste kojoj pripada jedinka u koju su ušli? Tu je pravi problem. Ti virusi nemaju niti na sebi, niti u DNK, niti u proteinima koji ih prate nikakve strane molekule, nikakve strane kemikalije. Sve njihove kemikalije ima i domaćin. Imunološkom sustavu domaćina u koji je virus ušao neprepoznatljiv je. Takav je virus za organizam jako opasan, za razliku od opisane vrste tzv. tuđeg virusa kojeg se zdravi imunološki sustav organizama relativno brzo rješava. Postoji li način da se organizam i takvog „domaćeg“ virusa riješi? Postoji. Kako to izgleda? Vjerojatno ima mnogo načina koji su nam poznati, ali još je više nepoznatih. A jedan od njih vrlo je interesantan i izgleda da je to glavni mehanizam rješavanja „domaćih“ virusa. U igri je opet imunološki sustav. Kako? Opet je stvar u prepoznatljivosti, odnosno u prepoznavanju uljeza. Da bi molekule virusa iste vrste, koji je domaći za tu vrstu, koji ima sve bitne kemikalije iste kao i domaćin, imunološki sustav domaćina ipak prepoznao kao uljeze, organizam mora promijeniti neke njegove kemikalije i učiniti ih drukčijima i nepoželjnima te zatim, kao takve – drukčije i nepoželjne – napasti, a s njima napadati i virus.
Kako to organizam čini? Organizam, uvjetno ćemo ga nazvati organizmom, oslobađa određenu kemikaliju koja ima veliku mogućnost vezanja za razne druge kemikalije. Shodno tome, ona se veže za kemikalije virusa. Svaka je od tih kemikalija domaća – i ona koja pripada virusu i ona koja se s njom poveže – i nijedna od njih svaka za sebe ne bi izazvala imunološko prepoznavanje. Ali novonastala molekula koja je kemijski spoj tih dviju domaćih molekula je nova, moguće imunološkom sustavu strana i nepoželjna molekula, a to je nešto sasvim drugo. To je novi spoj koji je stran i nepoželjan za organizam i imunološki sustav ga prepoznaje i napada, a tako napada i virus. Proces je malo sporiji i neizravniji, ali ipak u konačnici stradavaju virusi. Reklo bi se da organizam uključi kemikalije koje obilježe virus.
Kako se formiraju te molekule i kako te molekule znaju da se treba spojiti s molekulama virusa i stvoriti organizmu nepoznatu stranu molekulu? Te molekule koje markiraju „domaće“ viruse vjerojatno se formiraju na različite načine i na desetke pozicija u ljudskom organizmu cijelim tijekom života virusa i cijelim tijekom njegova hoda kroz organizam. Ili, kako bi se reklo, cijelog puta od ulaza virusa u organizam do krajnjeg odredišta, a to su stanice koje virus napada. I ovdje moramo kazati da nam je veliki broj tih pozicija i mehanizama nepoznat, ali ih možemo pretpostaviti. Međutim, postoji jedan koji je vrlo interesantan i čini se da je to glavni način i glavno mjesto markiranja „domaćih“ virusa. Kako i gdje? Sve se to događa u stanici. Domaći virus, kojeg imunološki sustav nije prepoznao, nije imao razloga prepoznati ga, može ući u stanicu ako ima sposobnost destabilizirati nepropusnost njene opne. Kad to učini, u stanici se, prema svom biološko-kemijskom nagonu, približava DNK domaćina da obavi svoj posao uništavanja domaćeg DNK i udvostručavanja samoga sebe odnosno umnožavanja. Započinje s tim procesom.
Destabiliziranjem DNK stanice destabilizira se cijeli proteinski sustav stanice, a posredno se zbog toga destabiliziraju i razgrađuju svi organizirani dijelovi unutrašnje strukture stanice, što znači da se mrve. Mrvljenjem se povećava fizički broj čestica unutarstanične tekućine, povećava se osmotski tlak. Povećani osmotski tlak u stanicu navlači vodu iz izvanstanične tekućine kroz opnu te stanica bubri. Širi se njena opna kao dječji balon na napuhavanje. Opna je višeslojna i elastična. Za unutarnju površinu stanične opne zalijepljene su razne kemikalije, razne molekule. Zašto? One se tamo skladište. Na unutarnjoj površini opne svake stanice razne kemikalije privremeno se uskladište iz dva razloga. Prvi je razlog skladištenje dok ne budu izbačene iz stanice ako su suvišne, ako su smeće, a drugi je također skladištenje sve dok ne budu ponovno upotrijebljene jer trenutačno nisu potrebne, ali poslije će biti. Za unutarnju površinu stanične opne prilijepljene su relativno labavo. To skladištenje trenutačno ili trajno nepotrebnih kemikalija dobro je poznata, normalna, prirodna funkcija svake žive stanice. Tako ona funkcionira. Kako se ležišta tih kemikalija rastežu zbog bubrenja stanice, a te zalijepljene kemikalije ne mogu pratiti rastezanje opne na koju su labavo zalijepljene, tako one bivaju fizički izbačene iz svog ležišta i nađu se u unutarstaničnoj tekućini. Među tim molekulama koje su se odlijepile i uskočile u unutarstaničnu tekućinu s unutarnje elastične površine stanične opne ima mnogih molekula, ali i nekoliko onih koje su jako kemijski aktivne i vežu se za mnoge strukture stanice, pa i za viruse koji su ušli u stanicu. Reklo bi se da markiraju virus. Ishod tog povezivanja kemikalije koja se odlijepila od unutarnje površine opne stanice može biti dvojak za virus. Prvi je da ta kemikalija sama za sebe predstavlja otrov za virus, razgrađuje ga i uništava. Drugi je ishod da ta kemikalija s nekom kemikalijom virusa koji je ostao na životu stvora novu kemikaliju nepoznatu imunološkom sustavu domaćina te provocira imunološki sustav na stvaranje protutijela. Gdje imunološki sustav prepozna tu novu kemikaliju? Valja naglasiti da limfociti ne ulaze u stanicu u kojoj je virus, od nje su uglavnom fizički veći. U stanicu mogu ući samo njihovi proizvodi, a to su protutijela. Prepozna ga kod onih stanica koje su markirale virus, ali su ipak uništene i raspale se. Imunološkom sustavu svojim raspadom, nakon svoje smrti pokažu markirani virus sa stranom kemikalijom koja je nastala u stanici. Imunološki sustav shvati da je to nešto novo i nepoželjno. Nakon što je proizveo protutijelo na taj markirani virus, odnosno njegovu stranu kemikaliju, protutijelo kasnije može ulaziti u druge stanice i u njima rješavati markirane viruse mnogo prije nego oni unište stanicu. Gradijent uništenih virusa koji ulaze u stanice se povećava, a gradijent oštećenih stanica se smanjuje. Stanice sve više i više preživljavaju iako su u početku više bile „ginule“.
Što se tiče tog markiranja „domaćeg“ virusa, možemo spomenuti da ne postoji samo jedna vrsta kemikalija koje markiraju virus. Mnoge kemikalije odlijepljene s unutarnje površine nabubrene stanice koja je pred raspadom mogu markirati virus pa tako stvoriti nekoliko „virusnih spojeva“ To znači da se na isti virus, s obzirom na to da je na više načina markiran, stvara nekoliko vrsta protutijela, ovisno o tome čime je markiran. A kako se proces markiranja virusa događa i prije nego što su ušli u stanicu, i tu se može stvarati nekoliko vrsta markiranja i nekoliko vrsta protutijela. Iz toga proizlazi šarolikost protutijela koja reagiraju na „domaći“ virus. Koje je protutijelo najvažnije? Bitna su sva. Iznad svih njih nalazi se mehanizam pretvaranja poznatog virusa u nepoznati markiranjem. Protutijela na viruse nalaze se u tjelesnim tekućinama, a najviše u krvnom serumu i pripadaju grupi kemikalija koje se zovu gamaglobulini. Analiziranjem gamaglobulina u laboratoriju u tim slučajevima dobivamo onaj karakterističan nalaz, vidi se da se „dijele u podfrakcije“.
Što znači da je svaka frakcija ili subfrakcija specifičnih gamaglobulina protutijelo na određenu vrstu markiranja jednog te istog virusa, ovisno o tome čime je markiran. Zašto je spomenuti mehanizam markiranja domaćeg virusa u stanici bitan u imunološkoj obrani od virusa? Zato što je jednostavan, izravan, lokacijski neposredan, relativno brz, baziran na neizbježnim, ponovljivim fizikalno-kemijskim zakonima, ultimativan, a uza sve navedeno djelotvoran. Nema mnogo kompliciranih „softverskih sastavnica“ koje su po prirodi stvari sklone zatajivanju. Drugi poznati i nepoznati mehanizmi markiranja koji postoje traže nazočnost kompliciranih kemijskih supstancija i njihovih kompliciranih odnosa koji su skloni kvarenju do kojeg dolazi zbog raznih utjecaja. To kvarenje kompliciranog imunološkog markiranja posebno dolazi do izražaja u nekim bolestima, a povezano je i sa starenjem, kao pad imunološke sposobnosti s godinama. Zatim ti drugi mehanizmi markiranja trebaju mnogo vremena, što u obrani od virusa može biti pogubno. Ovaj mehanizam odgovara na još jedno pitanje: zašto virus u ljudskom organizmu napada neke organe više nego neke druge? Odnosno, preciznije bi bilo pitanje zašto stanice nekog organa stradavaju više od stanica drugog organa? „Domaći“ virus učinkovitiji je kod stanica onog organa koji ima slabiji mehanizam markiranja. Postavit ćemo još i pitanje kojoj grupi kemikalija najčešće pripadaju te spasonosne oslobođene kemikalije koje markiraju. Ne biste vjerovali, u one koje izbjegavamo i koje su generalno „na lošem glasu“, u tzv. slobodne radikale. To su molekule s vrlo velikom atrakcijom i biokemijskim nagonom kemijskog spajanja.
