Za nepropisno odlaganje medicinskog otpada u Federaciji BiH predviđene su stroge sankcije. Prema Zakonu o upravljanju otpadom FBiH, pravna osoba koja ne skladišti otpad na okolišno prihvatljiv način prije odlaganja ili ponovne uporabe može biti kažnjena novčanom kaznom od 1000 do 10.000 KM. Odgovorna osoba u pravnoj osobi za isti prekršaj kažnjava se iznosom od 500 do 2000 KM.
Posebno teškim prekršajem smatra se odlaganje toksičnog ili zaraznog otpada bez odobrenja ako se time ugrozi život i zdravlje ljudi ili dođe do onečišćenja zraka, vode ili tla, odnosno opasnosti za biljni i životinjski svijet. U takvim slučajevima riječ je o kaznenom djelu za koje je propisana kazna zatvora od jedne do pet godina.