U široj javnosti malo je poznato da je papa Benedikt XVI. odigrao ključnu ulogu oko međugorskog fenomena. On je s njima bio upoznat još kao prefekt Kongregacije za nauk vjere, kada je lokalne biskupe, koji su bili protiv Međugorja, upozoravao da ne požuruju s konačnim zaključcima u osporavanju Međugorja.
Jospeph Ratzinger Međugorju je, naime, pristupao duhovnom razboritošću i tražio je načina kako ne podlijeći pritisku biskupa iz Mostara koji je uporno tražio zabranu Međugorja i očiglednih plodova koje je Međugorje donosilo. Nije bio zadovoljan radom crkvenih lokalnih komisija zaduženih za Međugorje, kako na razini biskupije tako i na razini Biskupske konferencije Jugoslavije. Stoga je 2010. osnovao svoju komisiju, odnosno Međunarodno istražno povjerenstvo Svete Stolice za Međugorje i povjerio njezino vodstvo kardinalu Camillu Ruiniju, nekadašnjem vikaru Rimske biskupije.
Komisija je istraživala Međugorje četiri godine. Ispitani su svi vidioci i obavljeni razgovori sa svjedocima, a u komisiji su bili kardinal Jozef Tomko, nekadašnji prefekt Kongregacije za evangelizaciju naroda, zagrebački nadbiskup kardinal Josip Bozanić, vrhbosanski nadbiskup kardinal Vinko Puljić, kardinal Julian Herranz, nekadašnji predstojnik Vijeća za tumačenje tekstova zakonika, nadbiskup Angelo Amato, prefekt Kongregacije za kauze svetaca, mons. Tony Anatrella, psihoanalitičar i stručnjak za socijalnu psihijatriju, mons. Pierangelo Sequeri, profesor fundamentalne teologije na Teološkom fakultetu u Milanu, o. David Maria Jaeger, savjetnik Vijeća za tumačenje tekstova zakonika, o. Zdzislaw Jozef Kijas, relator Kongregacije za kauze svetaca, o. Salvatore M. Perrella s Papinskoga teološkog fakulteta “Marianum”, tajnik komisije o. Achim Schütz s Papinskoga lateranskog sveučilišta i dotajnik komisije mons. Krzysztof Nykiel iz Kongregacije za nauk vjere.
A u radu zasjedanja sudjelovali su i stručnjaci dr. Franjo Topić, dr. o. Mijo Nikić, dr. o. Mihaly Szentmartοni te dr. s. Veronika Nela Gašpar. Plan je bio da rad komisije neće biti otvoren javnosti, a zaključke istraživanja predat će Kongregaciji za nauk vjere. Tako je i bilo sve do 2017. kada je papa Franjo otkrio da je nalaz komisije za Međugoje kod njega, jer ga je morao spašavati od Kongregacije za nauk vjere, koja ga je htjela relativizirati pod utjecajem prefekta te kongregacije kardinala Gerharda Mullera, koji je bio žestoki protivnik Međugorja i pod utjecajem mostarskog biskupa.
Vraćajući se iz Fatime 2017. papa Franjo rekao je kako su u radu komisije sudjelovali vrlo dobri biskupi, kardinali i teolozi te da nije mogao dopustiti da njezin nalaz završi na burzi tj. da se njime trguje. Stoga su zaključci komisije završili kod poznatog vatikaniste Anderee Tornijelija, osobe od najvećeg Franjina povjerenja i sadašnjeg njegovo šefa za medije. Tornielli je objavio kako je komisija utvrdila da se prvih sedam dana ukazanja mogu držati autentičnima, a da će se ostalo razdoblje dalje istraživati, jer ukazanja još uvijek traju.
Naime, od šestero vidjelaca troje ih još uvijek ima svako poslije podne susret s Gospom, jer ukazanja prestaju kad vidiocima Gospa izrekne svih deset tajni, a Vida Ivanković, Ivan Dragičević i Marija Pavlović Lunetti još nisu dobili desetu tajnu. Torniellijev tekst s njegova bloga „Vatican insider“ u „La stampi“ možete pročitati ovdje Medjugorje; the findings of the Ruini report - La Stampa Te 2017. papa Franjo odlučuje u Međugorje poslati svojega izaslanika poljskog nadbiskupa mons. Henryka Hosera, kojemu kasnije predaje na upravljanje župu Međugorje uime Svete Stolice.
Nakon Hoserove smrti lani danas Međugorjem s ovlastima pape Franje upravlja nadbiskup mons. Aldo Cavalli. A sve je to rezultat pomnog proučavanja i praćenja Međugorja kardinala Josepha Ratzingera, odnosno pape Benedikta XVI.
